游戏开始选择假名或是口袋口袋汉字模式。输入玩家角色名，怪兽攻略无默认名。黑白黑白输入劲敌名，妖怪默认名为“ヒュウ”。水之石入手从桧扇市玩家的口袋口袋家中开始游戏。基础徽章桧扇市与妈妈对话，怪兽攻略得知博士的黑白黑白助手白露来到了桧扇市。出门向北走，妖怪遇到劲敌与劲敌的水之石入手妹妹，与劲敌一起寻找白露。口袋口袋在桧扇市西北的怪兽攻略眺望台找到白露，获得初始精灵(三选一)与精灵图鉴。黑白黑白与劲敌对战，妖怪劲敌使用的水之石入手是克制玩家初始精灵属性的精灵。被白露带往精灵中心介绍各种设施与友谊商店，并获得10个怪兽球。走出精灵中心，遇到妈妈与劲敌的妹妹，获得跑鞋与两个城镇地图，要将其中一个交给劲敌。向北进入桧扇大门，被警卫拦住，得知主角拥有精灵后放行，并赠送一个伤药。前往19号路。19号路走出桧扇大门后遇到白露，学习捕捉精灵的方法(不能跳过)。向东走被阿戴克叫住，追寻他进入算木镇。算木镇进入算木镇后遇到阿戴克，得知他的家在算木镇西北。在阿戴克家前与他对话，让玩家以将城镇地图交给劲敌为优先。向东进入20号路。20号路东部被NPC挡住，没有徽章不会放行，向北进入算木牧场。算木牧场遇到劲敌，再次发生对战。战斗结束后牧场主夫妇出现，赠送玩家一个伤药，此后与该女性对话可治疗身上的精灵。得知牧场走失了一只哈约克，与劲敌一起寻找，路上劲敌赠送玩家一个解麻药。向北深入，听到哈约克的声音，继续向前找，遇到哈约克与一名等离子队员。等离子队员扔给玩家一个TM21撒气后离开，牧场主夫妇赶来，事件解决。返回算木镇。算木镇与阿戴克对话后，进入阿戴克家中。与家中两名小孩各进行一场战斗，他们分别使用爆香猴、冷水猴、花椰猴中的两只，第一人使用的是被玩家克制的属性，第二人使用的是克制玩家的属性。走出阿戴克家，遇到奖章大叔，获得奖章盒、No.001奖章“最初的一步”与六个提示奖章。奖章大叔离开后，阿戴克走出，告知玩家桧扇市新建成的道馆里，馆主已经到达，让玩家前去挑战。向南走出算木镇时，被阿戴克叫住，送给玩家五个橙果。返回桧扇市。桧扇道馆进入训练家学校屋后的桧扇道馆，道馆向导送给玩家一个美味水。馆主谦炼要求玩家与道馆内的两名训练家进行战斗，获胜后才接受玩家挑战。分别与两名训练家对话，进行战斗。与切莲进行道馆挑战赛。打败谦炼后获得基础徽章与TM83鼓舞士气。走出桧扇道馆，遇到白露，获得TM27报恩。实况播放器登录切莲与白露，并与红豆杉博士进行四人视频通话。劲敌赶来与谦炼进行道馆战，白露送给玩家C装置。向下一个道馆所在的立涌市前进。剧毒徽章算木镇在算木镇北部被白露叫住，为玩家的图鉴升级，加入栖息地列表功能，并告知玩家摇晃的草丛要素。进入20号路。20号路原本挡路的山男见到基础徽章后与玩家进行对战，打败他后继续前进。走下阶梯后切莲与劲敌赶来，向玩家介绍深色草丛，并送给玩家一个桃果。向东进入立涌市。立涌市在立涌大门，警卫送给玩家2个超级球。走出立涌大门，收到妈妈的电话，告知联合厂的存在。在精灵中心前，见到霍米加与她的父亲争吵。前往立涌道馆。立涌道馆进入道馆后，向导送给玩家一个美味水。因为音乐太大，霍米加听不见玩家的说话，所以要先打败旁边的鼓手与吉他手。打败霍米加，获得剧毒徽章与TM09 毒液冲击。走下舞台后，与星探及ホミカ对话，前往口袋坞。甲虫徽章口袋坞在入口与星探及ウッドウ对话，由星探带领参观口袋坞。遇到ホミカ的爸爸，观看他主演的电影。星探带玩家前往摄影棚，与入口的工作人员对话，进行电影拍摄。返回立涌市。立涌市在立涌市码头遇到霍米加、劲敌正与等离子队对峙，对话后发生战斗。打败等离子队后霍米加送给玩家HM01 居合斩。前往20号路追赶等离子队。在20号路上打败等离子队的下属后再次被逃跑，与劲敌对话，决定从水路追赶。返回立涌市码头，遇见霍米加与她爸爸对话。进入码头与劲敌对话，乘船前往飞云市。飞云市在飞云码头将劲敌登录至实况播放器，同时见到一艘奇怪的帆船。走出飞云码头，一名小丑送给玩家自行车。[支线] 进入飞云市北部的飞云大门，被白露叫住，送给玩家探测器。前往飞云市西部的飞云道馆，但馆主亚堤因故外出。艾丽丝出现，追寻艾丽丝前往飞云市最东部的码头，进入飞云下水道。飞云下水道与劲敌组队探索下水道，下水道内遇到的*精灵全为合作对战，每场战斗结束后自动治疗身上的精灵。与两名等离子队的下属发生合作对战。战斗结束后亚堤出现，送给玩家HM04 怪力。アクロマ出现，与玩家对话后离开。[支线] 从アクロマ出现的洞口可进入古代的秘道。返回飞云码头与艾丽丝对话，前往飞云道馆。飞云道馆打败飞云道馆的馆主亚堤，获得甲虫徽章与TM76 虫之抵抗。伏特徽章4号路在飞云市北部遇到アクロマ，与主角约定在4号路对战。在4号路上遇到アクロマ与挡路的岩殿居蟹群，アクロマ使岩殿居蟹离开，并与主角发生战斗，打败他后获得蛋白质。向北进入加盟大道。加盟大道遇见加盟大道的所有者，将加盟大道委托给玩家管理。依次输入口头禅、感动的台词与称呼，在加盟大道内使用。与右边的秘书对话，学习加盟大道的操作。向北进入雷文市。雷文市[支线] 向西走出雷文市，进入5号路时，白露出现，送给玩家HM02 飞空，并告诉玩家隐藏洞穴的情报。跟随白露找到一个隐藏洞穴，遇到一只隐藏特性的泡沫栗鼠。在新雷文道馆没有见到道馆馆主小菊儿，向导让玩家到原雷文道馆所在的云霄飞车寻找她。进入云霄飞车建筑深处，却得知小菊儿刚刚回去，但获得一个解麻药作为奖励。前往雷文道馆。雷文道馆进入道馆后，向导送给玩家一个美味水。打败馆主小菊儿后，获得伏特徽章与TM72 闪电交替。振动徽章雷文市在大型竞技场附近遇到劲敌与等离子队，与劲敌分别击退两名队员后，听劲敌讲述与等离子队的过去，之后劲敌为主角的精灵回复。前往5号路。5号路5号路的左边被人群围住，与机车男进行一场对战，黑2中进行转盘对战，白2中进行三打对战，打败他后人群散开。穿过帆巴吊桥，进入帆巴市。帆巴市在桥上遇见新旧等离子队队员的对话，被劲敌冲来打断。照着旧等离子队员的描述，前往精灵中心后面的房子，在门口与七贤人ロット发生对战。证明自己的实力后与劲敌进入房子，与ロット对话，ロット将N的索罗亚托付给玩家照顾(注:N的索罗亚个体全为30)。帆巴道馆打败帆巴道馆的馆主菊老大后，获得振动徽章与TM78 压路。喷射徽章PWT走出帆巴道馆后，遇见菊老大与劲敌，听取口袋妖怪世界淘汰赛的消息，前往PWT。在PWT进行帆巴淘汰赛，依次打败劲敌、谦炼、アクロマ，获得1BP。走出PWT时，见到等离子队员跑过，与劲敌及切莲追赶过去，登上帆船。打败两名等离子队的下属。依次与切莲及劲敌搭档，与等离子队进行双打对战。战斗结束后，七贤人ヴィオ出现，将玩家三人赶下船，切莲前往6号路。6号路在季节研究所门前遇到切莲，告知玩家气温降低的异常，并交给玩家HM03 冲浪，委托玩家调查。[支线] 与季节研究所内的研究员对话，可获得一只隐藏特性天之恩惠的四季鹿。在路上遇到了勾帕路翁，之后与赶来的ロット对话。进入电气石洞穴。电气石洞穴进入电气石洞穴后遇到白露。在第二层找到白露，从其身后返回第一层，走出电气石洞穴，进入吹寄市。吹寄市在精灵中心旁与红豆杉博士初次见面，在确认玩家的图鉴后，送给玩家一个大师球。之后可以前往天堂之塔寻找红豆杉博士，或挑战吹寄道馆。吹寄道馆打败吹寄道馆的馆主风露后，获得喷射徽章与TM62 杂耍。传说徽章山路市与红豆杉博士对话后，向东前往反转山。反转山与白露组队探索反转山。穿过反转山，进入小波镇。小波镇在涟漪大门前与劲敌对战。从13号路前往笼目镇。笼目镇与红豆杉博士、白露对话。在笼目镇西南与劲敌搭档，与ヴィオ及等离子队的下属进行双打对战。通过12号路、集落之桥、11号路，前往双龙市。双龙市进入双龙市后与艾丽丝对话，前往挑战双龙道馆。双龙道馆打败馆主夏卡后，获得传说徽章与TM82 龙之尾。波浪徽章双龙市走出双龙道馆后，与夏卡对话，前往夏卡的家。ヴィオ出现，双龙市被冰封。打败城市中的三名等离子队的下属与双龙道馆前的ヴィオ。战斗结束后收到劲敌与切莲对话后，前往小波镇。小波镇在涟漪大门前接到劲敌的电话，通过海洋隧道前往青海波市。青海波市与劲敌对话。找到道馆馆主西子伊，前往挑战青海波道馆。青海波道馆打败道馆馆主西子伊，获得波浪徽章与TM55 沸水。精灵联盟青海波市走出青海波道馆后与劲敌及西子伊对话。前往22号路。22号路在22号路上遇到代拉基翁，アクロマ出现，送给玩家アクロマ机器。返回青海波市，通过21号水路前往海边的洞穴。海边的洞穴在海边的洞穴尽头遇到堵住出口的岩殿居蟹，使用アクロマ机器发生战斗。进入21号水路，登上等离子巡防舰。等离子巡防舰打败甲板上等离子队的下属。进入船舱，与劲敌搭档与等离子队的下属进行双打对战。解除封锁传送点的四道电网黑2/打倒船上的等离子队员，获得等离子卡，根据等离子队的提示输入密码，解除电网白2。进入最后一个传送点，与劲敌搭档，与ヴィオ进行双打对战。从22号路前往巨大洞穴。巨大洞穴在巨大洞穴内部找到等离子巡防舰。打倒船上的等离子队员，获得等离子卡，根据等离子队的提示输入密码，解除电网黑2/解除封锁传送点的四道电网白2。打倒ヴィオ。打倒アクロマ。与ゲーチス对话，打倒黑暗三人组。离开等离子巡防舰，进入巨大洞穴深处。遇到酋雷姆，ゲーチス利用基因之楔使酋雷姆与N的捷克罗姆黑2/雷希拉姆白2融合。打倒暗黑酋雷姆或焰白酋雷姆。打倒ゲーチス。冠军之路在徽章检验大门前，N送给玩家HM05 登瀑。通过大门，进入山洞。在出口前与劲敌发生最后的对战，打败他后获得TM24 十万伏特。精灵联盟打败四天王シキミ、ギーマ、嘉德丽雅、レンブ。打败冠军艾丽丝。